TL;DR;

UPMでVisualStudioCodeEditorの代わりにこちらを使ってください。

git@github.com:wallstudio/com.unity.ide.vscode.git

原因っぽいもの

CsProjファイルのReferenceOutputAssemblyの項目がfalseになっているからの様で、これを手動でtrueにすると治る。
ただ、これは自動生成ファイルなので、手直しでOKとはいきません。
もう治ってるみたいなことがかいてあったのですが…

https://issuetracker.unity3d.com/issues/referenceoutputassembly-key-is-set-to-false-in-project-references

とりあえず、当時の対処療法を試みるも、UPMのCode拡張を入れていると、AssetPostprocessor.OnGeneratedCSProjectが呼ばれなくなってしまうらしいです。

publicclassFIX:AssetPostprocessor{privatestaticstringOnGeneratedCSProject(stringpath,stringcontent)=>content.Replace("<ReferenceOutputAssembly>false</ReferenceOutputAssembly>","<ReferenceOutputAssembly>true</ReferenceOutputAssembly>");}}

対処

com.unity.ide.vscodeを直接書き換えちゃうのが手っ取り早いということで、こちらです

https://github.com/needle-mirror/com.unity.ide.vscode/compare/master...wallstudio:master