config配下にApp.Debug.configとApp.Release.configを配置して、実行時にそれぞれ適用する際に詰まったので記録。
環境：
Windows10
VS express2017
こちらのサイトを参考にしました。
1. .csprojを開く
エクスプローラで該当の .csprojを表示し、メモ帳などで開く。
2. .csprojを編集する
2-1. PropertyGroupを編集
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|AnyCPU' "></PropertyGroup>
の間に
<appConfig>App.Debug.config</appConfig>
を記入。DebugをReleaseに置き換えて同様に記入。
2-2. ItemGroupを編集
<None Include="App.config" />
<None Include="App.Debug.config" />
<None Include="App.Release.config" />
を以下に書き換える。（Releaseも同）
<ItemGroup>
<Content Include="App.config">
<SubType>Designer</SubType>
</Content>
</ItemGroup>
<ItemGroup>
<Content Include="App.Debug.config">
<DependentUpon>App.config</DependentUpon>
<SubType>Designer</SubType>
</Content>
</ItemGroup>